21世纪初，被哥斯拉夺走了地球的人类，将一部分人类送往其他恒星系移居，但这一计划以失败告终。失意地回到地球的人类，面对的是两万年后巨变的地球。|一切动植物都拥有哥斯拉细胞，化作“怪兽行星”的地球。君临于此的，是身高超过300m的史上最大哥斯拉“哥斯拉·地球”。|燃起讨伐哥斯拉执念的主人公晴男，与人类的子孙种族弗图亚相遇。晴男等人在弗图亚双子姐妹玛伊娜和米亚娜的引导下，发现仍在持续增殖的对哥斯拉决战兵器·机械哥斯拉的残骸。他们使用构成残骸的纳米金属，令武装要塞都市“机械哥斯拉都市”启动，向“哥斯拉·皮克斯源源不断的故事创意一直是其动画电影的看点，这部怪兽公司也不例外，除了难得一见的精彩剧情之外，对于普世价值的表达也相当高明。我们不知道，在那样的世界里住着那样一群怪物。他们长相滑稽，却必须装作狰狞。因为，在夜深的时候，他们要悄悄的出现在孩子的衣橱里，吓唬刚刚甜美睡去的宝宝。一切，只因为他们是怪物电力公司的员工，而孩子的尖叫，则是怪物王国发电的全部能量。怪物们害怕孩子，却又必须让孩子尖叫。在怪物的国度里，他们都是为全民造福的英雄。 毛怪苏利文（约翰.古德曼）是怪物公司最出色的员工，业绩总是摇