英国政府邀请抗击鲨卷风的英雄芬•谢泼德参加关于抵御鲨卷风的高级会议。但他的好友诺娃在此时紧急联系他前往巨石阵探寻人类祖先抵御鲨鱼的秘密。两人在神秘洞穴中取得神器，却没想到引发了大规模的风暴，无数鲨鱼从天而降，世界各地接连遭遇灾难。芬和诺娃匆忙赶回，与半机器人的妻子阿普里尔和小儿子吉尔并肩作战。然而风暴太过猛烈，诺娃没能保护好吉尔，致使他被卷入风暴。芬和阿普里尔心急如焚，想方设法欲进入风暴救出儿子。他们被风暴带到瑞士、澳大利亚、巴西、意大利和日本，所到之处哀鸿遍野，一片狼藉。这时，被海上核废料污染发生变异的当年那场惨烈的芝加哥大战，汽车人虽然成功击退了霸天虎的入侵，却也让地球人对他们失去了应有的信任与尊重。由美国中情局组建的“墓风”部队对所有的变形金刚进行无差别的猎杀，一时间汽车人和霸天虎全都在地球不见了踪影。某天，居住在得州的落魄机械发明家凯德·伊格买回来一辆破旧的卡车车头，谁知那竟是处在休眠中的汽车人首领擎天柱。嗅到气息的墓风部队蜂拥而至，苏醒后的擎天柱救走了凯德一家，也和散落在各个角落的汽车人相继取得联系。另一方面，疯狂的人类科学家从变形金刚的残骸中获知了他们变形的秘密，并企图借此制造出人造金刚，而脱