冯紫英另外还提出自己会建议撤销五军都督府，将其纳入兵部直接管辖，专设训练清吏司和后勤清吏司，而把车驾司并入后勤司中，这样兵部可以变成五个司，再后，就要考虑将职方司拆分，形成为参谋司和情报司，最终定格为六个司一个厅。