齐永泰建议由刚从四川回来的孙承宗直接出任，这个建议也引起了一些争议，叶向高和方從哲以及李三才都力主谨慎一些，毕竟孙承宗前两年才是一个五品郎中，现在骤然就升至正三品的左侍郎，未免有些出格了，但齐永泰坚持，一时间僵持不下，所以只能搁置。