和京通二仓还有部分属于顺天府管辖不一样，水次仓就完全是漕运管辖了，地方上是无权过问的，便是户部虽然能过问，但是主管仍然是漕运总督和巡漕御史，也就是漕运衙门，户部并不能直接管辖，只要漕运每年能保证运到京通二仓的粮食保质保量到位，那么其他事务都是漕运衙门管辖，户部并无权直接插手。