冯紫英也专门了解过当初南京六部的情况，和前明相似，但又有不同，南京六部中户部权力最大，南直、浙江、江西、湖广四省粮赋尽皆归南京户部收取并上缴朝廷户部，南京兵部负责南直、浙江、江西三省军务，南京吏部则要掌管南直、浙江二省官员大计，像南京刑部、工部、礼部则只管南直隶地区事务，职权逐渐递减。