巡抚衙门和三司衙门之间的关系是比较复杂的,理论上布政使司对朝廷七部中的五部,按察使司对刑部和都察院,都司对兵部,而巡抚只兼任了兵部和都察院的职务,对按察使司和都司具有指导权责,对布政使司来说更多的是监督权。