医学院的学生关秋天和毛广光在学校是一对欢喜冤家，有一天他们的老师tumi通过互联网得知在关秋天的老家一位民间师父抓住了一只神秘生物；于是，她向学校申请了一支包括毛广光和关秋天在内的7人科研小组来到了案发地未泉山庄一探究竟。在山庄里，他们受到了老板李胜利的热情接待并得知抓住生物的师父就是与关秋天关系不好的父亲关布门。与此同时，被制伏的外星生物逃脱并感染了很多人，开始攻击山庄，毛广光也在保护秋天的时候遭到了外星病毒感染，此刻来自外星的喵星人出现，帮助他们制作出了对付被外星生物的武器，并唤醒了毛广光，经过这件事某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。　第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳