不过随着壬辰倭乱之后日本威胁日渐消减，作为主力的福建水师日渐没落，朝廷对水师的不重视使得水师舰船补充换代陷入停滞，水师训练更是流于形式，加上军官吃空饷、走私和懈怠训练，导致这支原本是大周最精锐的水师迅速蜕变为一支和寻常卫军没什么区别的队伍，甚至在面临倭寇的进袭时都显得笨拙而迟缓。
