但是到京仓和通仓，也就是说粮食进了京仓和通仓，那就是属于户部管辖，漕运总督府便无权过问，仓房的维护修缮也交由工部负责，但是京仓仍然驻扎有漕兵，负责守卫通仓，但这些漕兵不受漕运总督管辖，而是由漕运总兵官管辖。