两淮都转运盐使司衙门主要以淮盐行销管理为主，其其不仅仅覆盖南直隶，事实上南直的松江、苏州、常州、镇江主要是两浙都转运盐使司的地盘，而其余江北诸府除了徐州、邳州属于山东都转运盐使司管辖外，其余九府两州加上江西，都属于两淮都转运盐使司衙门所辖。