巡抚衙门和三司衙门之间的关系是比较复杂的，理论上布政使司对朝廷七部中的五部，按察使司对刑部和都察院，都司对兵部，而巡抚只兼任了兵部和都察院的职务，对按察使司和都司具有指导权责，对布政使司来说更多的是监督权。