最早清江船厂属于漕运总督和南京工部共管，但是李三才接掌漕运总督之后明确提出要么交给漕督直接管，要么就交由工部直接管，并建议交还工部，所以清江船厂就划归工部直管，现在看来当时李三才便已经觉察到了清江船厂的糜烂腐败，所以才会先把责任撇清。