根据漕运总督府上吊自杀那名书吏留下的遗信，南京方面挖出了一系列在漕运水次仓中内外勾结，以次充好，以旧换新，甚至短斤缺两的多年积案，单单是在淮安的水次仓就查出了短缺的漕粮多达六万石，徐州那边短缺了四万石，这还没有算许多陈米陈麦置换了新米新麦的情形。