在本格拉丛林里，传说藏着三个分别用金、银、玉制作的神圣骷髅，将它们合为一体便可激发神奇的力量，从而统治世界。正因为如此，本格拉丛林吸引了来自世界各地的野心家，然而这里却藏着一个令他们闻风丧胆的人物，他就是骷髅奇侠。骷髅奇侠的真实身份是沃克尔家族，四百年前沃克尔的祖先落难于曼加勒岛，并受到土著捷嘉达族的救助。在此之后，捷嘉达族被海盗消灭，他们的神圣骷髅也流落本格拉丛林，从此世代受骷髅奇侠的守护。某天，纽约商人仙德尔·卓克斯派出手下闯入本格拉丛林，而新一代的骷髅奇侠将于他们展开新一轮的正邪大战。幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天，“这样的时间能够一直持续就好了”理树所期望的只有这样。某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，理树则开始了寻找成员的任务。在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们，和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。经历了许多快乐的事情，同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。在最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。然而，这并不是结束，和来谷唯湖