延续前一集的剧情，狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿迈尔曼、河马格洛里亚以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。石县的年轻乡长赵凤瑞为了发展经济，被人告发挪用有教育专款修公路而被免职调走。告他的人，正是他的未婚妻石村小学教师韩敏。 8年后，政绩突出的赵凤瑞主动要求重回石县任县长，妻子杨淑芳认为他回石县只是为了初恋情人韩敏。 祖籍是石县的港商陈庆元和女儿珍妮选择石村小学作为盖女娲庙的地址。仍旧是副县长的李国强当即表示同意，而县长赵凤瑞则反对。李国强看到赵凤瑞态度坚决，把他的表现和做法汇报给上级领导。赵凤瑞受到上级领导的批评，督促他尽快与港商签约。课外活动中，菊花和丫丫意外滑下山崖，有恐高症的韩敏奋力救了两人，自己却摔