旗手卫这个卫实际上是沿袭前明，和前明锦衣卫一样，只不过因为大周建立之后，旗手卫和锦衣卫职责发生了一些变化，旗手卫仍然用卫，而锦衣卫这变成了龙禁尉，旗手卫仍然是以亲军守护禁中为主，而锦衣卫（龙禁尉）则彻底转变成为了侦缉机构，但其核心没变，都是效忠于皇帝而非内阁和五军都督府。