不过壬辰倭乱之后，杨应龙仗着在在壬辰倭乱中出过力，又开始膨胀，和地方上龃龉不断，小冲突屡屡发生，但好在始终没有酿成大的冲突，不过还是引起了朝廷的担心，尤其是在水西和永宁两地土司也开始蠢蠢欲动时，就更让朝廷感到不安了。