冯紫英另外还提出自己会建议撤销五军都督府,将其纳入兵部直接管辖,专设训练清吏司和后勤清吏司,而把车驾司并入后勤司中,这样兵部可以变成五个司,再后,就要考虑将职方司拆分,形成为参谋司和情报司,最终定格为六个司一个厅。